La Division du contrôle interne est responsable de la surveillance de la conception et de la maintenance d'un système de contrôle interne efficace et intégré exercé sur les rapports financiers. Ainsi, la Division appuie le sous-ministre dans son rôle d'administrateur de comptes en fournissant l'assurance raisonnable que l'efficacité du système de contrôle interne est surveillée à l'échelle du ministère et que les points faibles sont isolés et abordés.
La Division agit à titre d'agent de liaison avec la Direction générale du contrôleur ministériel et le Bureau de la vérification et de la responsabilisation et le Bureau du vérificateur général pour les vérifications rattachés à la Direction générale.