Les échantillonneurs d'air déposent les propagules fongiques sur une boîte de pétri ou dans une suspension aqueuse. Ces échantillons renseignent sur les propagules cultivables ou « viables » dans l'air. Il est important de savoir que, pour différentes raisons, les techniques d'échantillonnage de l'air existantes sous évaluent les véritables concentrations de spores fongiques aéroportées. Le nombre de propagules fongiques déterminé par la culture est substantiellement inférieur (de 1 à 50 %) à celui qui est déterminé par méthode directe; ceci varie selon l'espèce. Les diverses espèces fongiques ont des exigences de croissance différentes. Par conséquent, quel que soit le milieu utilisé, les taux de récupération sont différents. La viabilité des spores fongiques diminue avec le temps: les spores de certaines espèces demeurent viables pendant des années; les spores d'autres espèces, pendant des mois. Certaines espèces croissent très rapidement ou se révèlent agressives en culture et produisent des agents antifongiques qui peuvent freiner la croissance d'autres espèces présentes dans la culture. La variabilité des nuages de spores en suspension dans l'air intérieur d'un immeuble où une croissance fongique active est observée dépasse largement la précision des méthodes d'échantillonnage disponibles. L'échantillonnage de l'air est utile pour évaluer la contamination fongique dans les grands immeubles et il doit être envisagé si l'évaluation fait suite à des plaintes reliées à la santé.
Il est rarement possible de prélever suffisamment d'échantillons pour procéder à des analyses statistiques rigoureuses. Toutefois, il faut tenir compte des principes statistiques pour déterminer le nombre d'échantillons à prélever (ACGIH, 1999). Il importe d'étudier avec soin la manière dont chaque échantillon sera prélevé et où il sera prélevé.
Les échantillons d'air doivent être prélevés pendant les périodes d'activité normale dans l'immeuble, lorsque le système de ventilation fonctionne. Facteur important, deux échantillonnages dans un même espace doivent être faits à des intervalles d'une à deux heures (p. ex., se déplacer sur chaque étage de l'immeuble dans une direction donnée, monter d'un étage à l'autre, puis redescendre, échantillonner le matin et l'après-midi, etc.). Cette technique permet de prendre en considération la variabilité des concentrations de spores aéroportées dans le temps, et selon les différentes activités en cours dans l'immeuble et la fluctuation des charges thermiques et éoliennes. Les échantillons d'air ne doivent pas être prélevés lorsqu'il pleut. La pluie produit un effet transitoire sur les populations microbiennes dans l'air extérieur, ce qui peut fausser la comparaison air intérieur/extérieur. Le nombre d'échantillons d'air extérieur doit, en principe, être égal au nombre d'échantillons d'air intérieur. Comme cela est rarement possible, il faut prélever un minimum de trois à six échantillons d'air extérieur pendant les périodes d'échantillonnage de l'air intérieur. Ces échantillons doivent être prélevés au dessus du niveau du sol pour éviter de recueillir des particules de terre soufflées par le vent pouvant contenir des champignons susceptibles de fausser la comparaison de la diversité des espèces entre l'air intérieur et extérieur. Il est recommandé de prélever les échantillons d'air extérieur aussi près que possible des prises d'air ou encore face au vent, sur le toit de l'immeuble. On trouvera d'autres conseils dans le guide de l'AIHA (Dillon et coll., 1996) et le manuel de l'ACGIH (ACGIH, 1999).
Les méthodes actuelles d'interprétation des résultats d'échantillonnage de l'air reposent sur la comparaison de la diversité des champignons repérés à l'intérieur et à l'extérieur, en tenant compte des espèces indicatrices et des espèces présentant une faible capacité de récupération sur une boîte de pétri, comme Stachybotrys chartarum (CHMT 1995a; Dillon et coll., 1996; ACGIH, 1999). Les espèces fongiques présentes dans l'air extérieur varient avec les saisons. Les concentrations moyennes totales de propagules en juillet vont de 20 000 par m3 à des concentrations de pointe pouvant aller jusqu'au double de cette valeur. En l'absence de neige, la proportion d'Aspergillus et de Penicillium parmi les spores fongiques totales est inférieure à 1 % de l'ensemble des spores fongiques. Lorsque le sol est recouvert de neige, la concentration totale de spores fongiques dans l'air diminue et la proportion de d'Aspergillus et de Penicillium augmente jusqu'à 10 - 20 %.
L'avantage d'échantillons d'air viables correctement prélevés et analysés est que les données peuvent servir à détecter les premiers signes d'une contamination fongique,de même que des croissances fongiques dans des cavités murales ou des conduites d'aération (où la dilution provoquée par l'air extérieur limite la sensibilité de l'analyse).
On utilise de plus en plus souvent des échantillonneurs à surface adhésive, comme le Zefon Air O CellMC, AllergencoMC et BurkhardMC pour l'évaluation de la QAI. Peu de données ont été publiées sur le rendement comparatif et qualitatif de ces échantillonneurs (Dillon et coll., 1996). Toutefois, certaines études ont permis d'obtenir de l'information sur les points de démarcation reliés à ces échantillonneurs (Aizenberg et coll., 2000). Un inconvénient de ces méthodes est qu'elles dépendent de la capacité du microscopiste à faire le décompte des propagules fongiques dans un champ contenant des débris de types variés.
Un des avantages des échantillonneurs à surface adhésive, lorsque les échantillons sont correctement prélevés et analysés, c'est que les résultats sont disponibles au bout d'une journée et que, en présence d'un pourcentage élevé de spores non viables aéroportées, les données sont plus fiables.