Dans la plupart des études épidémiologiques qui traitent des moisissures en milieu intérieur et de la santé, l'exposition a été évaluée à la lumière des témoignages des participants. Dans les rares études où l'évaluation a été faite par un membre de l'équipe de recherche, la classification de l'exposition a été réalisée à partir de questions dichotomiques, par exemple sur la présence ou l'absence d'humidité ou de moisissures, il n'y a eu aucune évaluation quantitative de l'exposition, de sorte que la relation dose effet n'a pas été déterminée. Les études réalisées par Garrett et coll. (1998) et Dales et coll. (1999) font figure d'exception. En outre, dans la plupart des études transversales et cas témoins, les espèces de moisissures présentes dans les habitats n'ont pas été identifiées. Or, il existe entre les espèces des différences énormes non seulement dans leurs effets possibles sur la santé humaine mais aussi dans les mécanismes par lesquels elles affectent la santé humaine (libération de constituants, d'allergènes ou de mycotoxines volatiles).
Ainsi, les problèmes de quantification de l'exposition humaine font qu'il est impossible d'évaluer la relation dose effet, ce qui nuit considérablement à la détermination de l'existence d'une relation de cause à effet. Cette difficulté a amené l'Institute of Medicine à conclure qu'« ...il est essentiel de disposer de méthodes normalisées pour l'évaluation de l'exposition aux allergènes fongiques, établies de préférence à partir d'une évaluation quantitative des allergènes plutôt que des champignons pouvant être cultivés ou dénombrés... », l'idée étant de bien comprendre les effets des champignons présents dans les immeubles.
Le recours à une méthode quantitative plutôt qu'à un questionnaire pour évaluer l'exposition aux champignons est une piste prometteuse à explorer si l'on veut améliorer les études épidémiologiques. Il demeure que la méthode habituellement employée, soit le prélèvement d'échantillons d'air et la culture de spores fongiques, comporte plusieurs failles qui réduisent l'utilité des données ainsi recueillies. Par exemple, le prélèvement de spores fongiques en suspension dans l'air ne peut se faire que pendant de brèves périodes, alors que la concentration dans l'air de spores fluctue considérablement. De plus, les milieux de culture utilisés favorisent toujours la croissance de certaines espèces par rapport à d'autres, et certains taxons fongiques peuvent empêcher la croissance d'autres taxons dans le milieu de culture.
Pour toutes les raisons évoquées plus haut, la détermination de marqueurs de la croissance fongique, comme la présence d'ergostérol et de ß-1,3-D-glucane dans la poussière du milieu ambiant, semble une piste plus intéressante (Dillon et coll., 1999). L'ergostérol et le ß-1,3-D. glucane sont tous deux des constituants de la membrane cellulaire des champignons (Miller et Young, 1997; Li et Hsu, 1996). Le ß-1,3-D-glucane a été associé à une plus grande variabilité du débit expiratoire maximal chez les enfants asthmatiques (Douwes et coll., 2000). Il y a toutefois lieu de poursuivre les recherches afin d'élaborer des protocoles normalisés relatifs à l'évaluation de la concentration de ß-1,3-D-glucane dans le milieu ambiant (Dillon et coll., 1999). Le dosage des polysaccharides extracellulaires de Aspergillus et de Penicillium dans la poussière domestique est une autre méthode d'évaluation de l'exposition aux moisissures qui est actuellement mise au point. Les polysaccharides extracellulaires sont un marqueur spécifique de la présence de champignons mais, à la différence des glucanes, on ne les soupçonne pas de provoquer des effets indésirables sur la santé respiratoire (Chew et coll., 2001).
Des méthodes d'analyse moléculaire ont été élaborées pour l'évaluation de l'exposition tant qualitative que quantitative aux champignons présents dans les immeubles et d'autres milieux (Haugland et coll., 1999). Jusqu'ici, cette démarche n'a pas fait l'objet de beaucoup d'expériences pratiques. Un certain nombre de groupes de recherche ont proposé d'utiliser des anticorps d'origine animale pour recueillir des données quantitatives et qualitatives sur l'exposition fongique (Wijnands et coll., 2000a; Wijnands et coll., 2000b). L'Institute of Medicine Committee on Asthma (Institute of Medicine, 2000) des États-Unis préconise une autre démarche qui consiste à doser les allergènes ou les antigènes fongiques chez l'humain. Des recherches sur la question sont en cours au Canada.