Les virus entériques sont excrétés en grandes quantités dans les matières fécales des sujets humains et animaux infectés (symptomatiques et asymptomatiques). Ils se diffusent facilement dans l'environnement par les matières fécales et sont transmissibles à d'autres sujets par la voie fécale-orale. Les matières fécales des sujets infectés peuvent contenir plus d'un milliard (109) de virus par gramme. La présence de ces virus dans une population donnée est variable et reflète la conjoncture épidémique et endémique courante (Fields et al. 1996). Le nombre de virus entériques est relativement stable dans les eaux usées et atteint son maximum l'automne et l'hiver. On en trouve toujours dans des échantillons d'eaux usées, même dans les petites collectivités, ce qui indique qu'ils sont très répandus. On a détecté, par exemple, le VHA dans des eaux usées, dans des rivières polluées et dans l'eau potable (Gerba et al. 1985; Bloch et al. 1990; AWWA 1999a; Jothikumar et al. 2000; Scipioni et al. 2000; Pina et al. 2001). La concentration de virus reproductibles par culture dans les eaux d'égout non traitées peut dépasser 10 000 unités infectieuses par litre. Le traitement des eaux usées qui n'inclut pas une étape de désinfection est relativement inefficace lorsqu'il s'agit d'éliminer les virus, sauf dans le cas du traitement par boue activée, qui peut éliminer plus de 95 % des virus présents. La désinfection au chlore, à l'ozone ou aux rayons ultraviolets (UV) peut réduire considérablement la charge virale, surtout lorsqu'on l'applique à des effluents secondaires ou tertiaires. Dans les eaux de surface contaminées, des concentrations de virus entériques reproductibles par culture de 1 à 100 par litre sont courantes. Dans les eaux de surface moins polluées, leur concentration se rapproche davantage de 1 à 10 par 100 litres (Gerba et al. 1985; Bloch et al. 1990; AWWA 1999a; Jothikumar et al. 2000; Scipioni et al. 2000; Pina et al. 2001).
Les eaux de surface et les eaux souterraines utilisées comme source d'eau potable au Canada peuvent contenir des virus entériques (Payment et al. 2000; Payment et Hunter 2001). Depuis les années 70, à mesure que des méthodes de détection des virus dans l'eau devenaient disponibles, des chercheurs du Manitoba, de l'Ontario et du Québec ont étudié la présence des virus dans les eaux d'égout, les eaux usées, les eaux de surface et l'eau potable (Subrahmanyan 1977; Sattar 1978; Sekla et al. 1980; Payment et al. 1984, 2000, 2001; Raphael et al. 1985a et 1985b; Payment 1988, 1991, 1993; Payment et Franco 1993). Ces études ont indiqué des prévalences et des concentrations variables de virus entériques, mais elles ne sont pas faciles à comparer étant donné l'éventail des méthodes de détection utilisées. Il est essentiel de suivre une méthode normalisée de détection (directe ou indirecte) des virus pour comprendre la prévalence environnementale « réelle »
des virus entériques.
Comme ils sont très résistants aux agresseurs environnementaux, les virus entériques peuvent survivre au traitement de l'eau potable et il est possible d'en détecter la présence dans de l'eau potable traitée qui semble ne pas contenir de coliformes. On en a trouvé de faibles concentrations (c.-à-d. de 1 à 20 par 1 000 litres) dans des échantillons d'eau potable (Payment 1989; Gerba et Rose 1990; Bitton 1999; Payment et al. 2000). Leur présence dans l'eau potable peut être causée par l'absence de traitement, une désinfection insuffisante ou un traitement inadéquat des eaux de surface contenant de fortes concentrations de virus (Payment 1989; Payment et Armon 1989; Gerba et Rose 1990; Payment et al. 1997; Bitton 1999).
Même si les virus ne peuvent se multiplier en dehors des tissus de leur hôte et, par conséquent, dans l'environnement, ils peuvent survivre plusieurs mois dans l'eau douce et pendant des périodes plus courtes dans l'eau salée. Ils survivent plus longtemps dans l'environnement à basse température et en présence de sédiments auxquels ils s'adsorbent facilement. La lumière du soleil, des températures plus élévées et une forte activité microbienne raccourcissent la durée de survie des virus entériques. On a signalé que dans les eaux souterraines protégées où les températures demeurent en général au-dessous de 10 °C, les virus entériques pouvaient survivre presque deux ans. Les eaux souterraines peuvent être contaminées par l'évacuation d'eaux usées domestiques ou de boues sur la terre, par des effluents provenant de champs d'épandage des eaux de fosses septiques et par l'infiltration d'eaux de surface (Bitton 1999; Hurst et al. 2001).