Il existe plus de 140 types de virus entériques reconnus pour infecter les êtres humains qui sont excrétés dans les matières fécales des personnes et animaux infectés et que l'on peut retrouver dans l'eau. Beaucoup de ces virus sont impossibles à cultiver et leur présence dans l'eau varie au fil du temps à mesure que les infections virales évoluent dans la population. Il se peut, à un moment donné, qu'un type de virus soit plus prévalent qu'un autre dans les eaux usées d'une collectivité et qu'il ait un effet sur la qualité de l'eau dans des collectivités situées en aval. C'est pourquoi il est impossible d'établir pour le moment des concentrations maximales acceptables (CMA) de virus entériques dans l'eau potable.
Les tests de dépistage de la présence de virus dépassent la capacité de la plupart des laboratoires chargés de la surveillance routinière de la qualité de l'eau et exigent des installations de biosécurité qu'on ne trouve pas dans tous les laboratoires. Pour s'assurer que le risque annuel d'infection d'origine hydrique est inférieur au niveau annuel généralement reconnu comme acceptable de 1:10 000, il faudrait analyser des milliers de litres d'eau. Il est donc utile et pratique d'analyser des échantillons d'eau potable pour y repérer la présence de virus seulement au cours d'enquêtes sur des éclosions d'infections d'origine hydrique ou pour estimer le niveau de traitement qui s'impose pendant la conception d'une usine de traitement de l'eau.
La meilleure façon de se protéger contre la présence de concentrations dangereuses de virus entériques dans l'eau repose sur l'application de l'approche dite à barrières multiples, qui comprend la protection de la source d'eau et un traitement adéquat démontré par l'utilisation des paramètres physicochimiques appropriés, suivie de la vérification de l'absence de micro-organismes indicateurs de la présence de matières fécales dans l'eau traitée. Le traitement qui s'impose dépend de la qualité de l'eau de la source d'approvisionnement.
Si cette eau est contaminée par des matières fécales d'origine humaine ou a déjà causé des éclosions d'origine hydrique attribuées à la présence de virus entériques, les techniques de traitement en vigueur devraient assurer une réduction ou une inactivation des virus de l'ordre d'au moins 4 log. Dans la plupart des cas, une usine de traitement qui fonctionne bien et qui emploie des techniques efficaces de coagulation, de floculation, de clarification, de filtration et de désinfection pour produire une valeur CT suffisante devrait donner de l'eau présentant un risque négligeable d'infection. Il faudrait, dans la mesure du possible, protéger les bassins hydrographiques ou les aquifères qui servent de sources d'eau potable contre une contamination par les matières fécales.
Sauf les exemptions spécifiques à des réseaux, il faut désinfecter toutes les sources publiques d'approvisionnement. Il faut maintenir en tout temps une concentration résiduelle de désinfectant dans tout le réseau de distribution. Le traitement minimal de toutes les sources d'eau de surface et d'eaux souterraines assujetties à l'influence directe d'eaux de surface devrait inclure en outre la coagulation, la floculation, la clarification et la filtration, ou des techniques équivalentes. Le traitement minimal de toutes les sources semi-publiques et privées d'approvisionnement provenant de sources d'eau de surface ou d'eaux souterraines assujetties à l'influence directe d'eaux de surface doit inclure une filtration et une désinfection adéquates ou des techniques équivalentes.