Comme on l'a déjà mentionné, la flore hétérotrophe inclut tous les micro-organismes qui ont besoin de nutriments de leur environnement pour survivre et se multiplier. Cette catégorie inclut la plupart des bactéries présentes naturellement dans l'eau, ainsi que la majorité des bactéries provenant d'autres sources, y compris de la contamination fécale.
Contrairement à E. coli et aux coliformes totaux, il n'est ni possible ni nécessaire de ramener à zéro la concentration des organismes hétérotrophes dans l'eau potable. Les services de distribution d'eau doivent toutefois viser à réduire au minimum les concentrations de bactéries hétérotrophes en mettant en oeuvre des traitements appropriés et efficaces. Dans l'ensemble, les méthodes d'élimination physique (y compris la coagulation, la floculation, la sédimentation, la filtration sur sable lente ou rapide et la filtration directe avec ou sans aide) peuvent éliminer de 90 à 99,9 % (1 à 3 log) des bactéries hétérotrophes. La désinfection peut permettre une élimination supplémentaire de 99-99,99 % (2 à 4 log), pour donner une élimination totale de 99,999-99,99999 % (5 à 7 log) (Fox et Reasoner, 1999). À ce niveau d'élimination, il est possible d'obtenir des concentrations de bactéries hétérotrophes de 10 ufc/ml ou moins dans l'eau prête au débit (Fox et Reasoner, 1999). On peut aussi réduire au minimum les concentrations de bactéries hétérotrophes dans un réseau de distribution en fournissant de l'eau contenant de faibles quantités de carbone organique assimilable et une concentration résiduelle de désinfectant et en mettant en oeuvre des pratiques exemplaires pour assurer l'entretien approprié du réseau de distribution.