Bien que la Giardia et le Cryptosporidium puissent être responsables de maladies gastrointestinales graves, voire fatales dans certains cas, il n'est pas possible pour le moment d'établir des concentrations maximales acceptables (CMA) de ces protozoaires dans l'eau potable. Les méthodes dont on dispose actuellement pour la détection systématique des kystes et des oocystes ne fournissent pas d'informations sur leur viabilité ou sur leur infectiosité pour les humains et elles présentent un faible taux de récupération. Cependant, jusqu'à ce qu'on dispose de plus amples informations et de meilleures données de surveillance sur la viabilité et l'infectiosité des kystes et des oocystes présents dans l'eau potable, il est nécessaire de prendre des mesures pour réduire le plus possible le risque de maladie. Si on soupçonne ou si on établit la présence dans la source d'eau de kystes ou d'oocystes infectieux pour les humains, ou si la Giardia ou le Cryptosporidium se sont avérés responsables d'éclosions de maladies d'origine hydrique dans une collectivité, il est nécessaire d'instaurer un programme spécial pour le traitement et la distribution de l'eau potable, ainsi qu'un plan de protection du bassin versant et des têtes de puits (lorsque cela est réalisable) ou d'autres mesures permettant de réduire le risque de maladie. Les techniques de traitement doivent produire une réduction et/ou une inactivation des kystes et des oocytes d'au moins 3 log, sauf si la qualité de l'eau de la source d'approvisionnement exige une réduction ou une inactivation plus importantes.