Santé Canada conclut des partenariats avec une vaste gamme d'intervenants dans le domaine des sciences et de la recherche.
Santé Canada s'engage avec des organismes subventionnaires fédéraux (
les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC), le
Conseil de recherches en sciences humaines (CRSH), le
Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG), la
Fondation canadienne pour l'innovation (FCI), la
Fondation canadienne de la recherche sur les services de santé (FCRSS)) et avec des ministères fédéraux à vocation scientifique, notamment par le truchement du Conseil des sous-ministres adjoints pour l'intégration des sciences et la technologie (S-T) et du Comité des sous-ministres adjoints sur les S-T.
Santé Canada établit également des liens avec des organismes scientifiques non gouvernementaux tels que
l'Association des universités et collèges du Canada,
Recherche Canada,
l'Association des facultés de médecine du Canada et
l'Association canadienne des institutions de santé universitaires (ACISU).